ストーリー

ゴーストに抱いた違和感、そして知るはずの無い未来の記憶から魔眼のユーザーの正体が与一であることにたどり着いた翔。
しかし、複数のアーティファクトを持つ与一と、常識外れな格闘術を扱う高峰蓮夜を相手に敗北してしまう。
友人が理解の及ばない殺人鬼であったことに失意の中の翔に、沙月に憑依したイーリスが接触してくる。
彼女は、ソフィが翔達を騙している事を告げ、与一を止めるために、アーティファクトとの契約を解除する霊薬「アンブロシア」を翔に渡す。

ゴーストの奇襲を受け、彼女の持つ「魔眼」の能力によって身体を石にされる翔。
絶体絶命の状況に、天と春風が駆け付け、彼女を撃退する事に成功する。
翔は石化の回復を待つ最中、ソフィからゴーストの正体について報告を受ける。
彼女の正体は誰かの作り出した「幻体」で、本物の「魔眼のユーザー」ではなかった。
ゴーストが人間では無かったことに安堵する傍ら、翔は写真に写る彼女の顔に違和感を感じていた。

翔たちは蓮夜が率いる「リグ・ヴェーダ」を名乗る組織と対峙する。
アーティファクトユーザーにとっての理想郷の実現、それを達成するためには実力行使も厭わない。
そう語る彼らと相対し、空気は一触即発の状況に。
希亜の介入によりその場での衝突は回避されたが、去り際にゴーストが囁いた言葉に、翔は強い危機感を覚えた。
彼らについて調べるため、翔たちは組織の一員である春風と接触するが、彼女の能力によって予想外の事態に――。

翔は、まるで過去に戻ったかのような感覚に戸惑いながら、神社で強い既視感に包まれる。
違和感の正体を探る中、ソフィから、とある「特殊なアーティファクト」の力を翔が持っているかもしれないことを告げられる。
一方、天は“エデンの女王”を追って神社へ向かうが、そこで春風・蓮夜・そして謎の少女“ゴースト”が集う場面に遭遇。
真相に迫ろうとする中、集団の一人に気付かれ、予期せぬ出来事に巻き込まれていく――。

翔の記憶を読んだ都は、彼が自身に向ける想いを知ってしまう。
二人は以前のような自然なやりとりができなくなり、ぎくしゃくとした関係が続いていたが、与一の計らいによって互いに向き合う機会を得る。
翔と都は、すれ違いや戸惑いを乗り越えながら、本音を伝え合う関係へと歩み出していく。
だがその矢先、新たに起きた“石化事件”の噂と共に、都が突然姿を消してしまう。
胸騒ぎを抱えながら、わずかな手がかりを頼りに都の行方を追うが――。

「他人の物の所有権を奪う力」をアーティファクトに与えられた都。
そして翔もまた正体不明の力を持っている事をソフィーティアに告げられる。
彼女に協力し、石化事件の犯人の捜査を始めた翔と都は、都の能力の新たな使い道を見出し、事件解決に向けて一歩前進する。
事件の捜査を通して確かな絆が築かれていく二人。
しかし、そこに現れた一人で石化事件の犯人を追う結城希亜は、翔を事件の犯人ではないかと疑いだし──。

白泉学園で突如発生した謎の火災。
生徒たちが恐怖に包まれる中、新海翔は、妹の新海天を救うべく奔走する。
そんな翔に、何かを知っている様子の九條都は協力を持ち掛ける。
火災の原因を追う翔と都の前に現れたのは、炎を自在に操る異能者。
常識では太刀打ちできない脅威に、都は特殊能力を授ける装飾品“アーティファクト”で能力を発動する。
危険が迫る中、2人は力を合わせて異能者に立ち向かう。戦いの先に待つ、運命は─。

白蛇九十九神社の町おこしイベント中、突然の地震が発生。
神社の本殿で「神器」の破損を目撃した新海翔は、拾ったカケラで指を傷つけてしまう。
それは、静かに始まる異変の合図だった。
それから数日後、公園に少女の石像が現れたという噂が広がっていく。
不可解な出来事に翔は、クラスメイトの深沢与一、九條都と共に噂の真偽を確かめに行くことに。
それは偶然か、運命か。“物語”が静かに動き出す─。